Das Konzil wurde von Kaiser Theodosius II. 431 einberufen. Es sollte die Frage der Natur Christi klären, die in Fortsetzung des arianischen Streites und aus der Auseinandersetzung mit Origines aufgebrochen war: Die theologische Schule von Alexandria sprach von der einen Natur Christi, in der Gott und Mensch vereint seien, während die Schule von Antiochia unter dem Patriarchen von Konstantinopel Nestorius Jesus als Menschen, in dem Gott wie in einem Tempel wohne, bezeichnete; diese Schule sah die beiden Naturen Christi (Gott und Mensch) zwar eng beieinander aber getrennt und unverbunden. Damit war in Frage gestellt, ob Christus wirklich Mensch geworden war oder ob es vielleicht sogar zwei Personen gab, den göttlichen Christus und den menschlichen Jesus. Schon vor dem Konzil gab es heftige Auseinandersetzungen und Verurteilungen, So wurde Johannes Chrysostomus, der vor Nestorius Patriarch von Konstantinopel gewesen war, verbannt. Nestorius wurde vom Kaiser unterstützt, Papst Coelestin I. (422-432) forderte ihn dagegen zum Widerruf auf. Der Streit eskalierte, als Nestorius die übliche Bezeichnung Gottesgebärerin für Maria ablehnte und sie Christusgebärerin nannte. Drei Parteien standen sich letztlich gegenüber:
* die Duophysiten, die Christus als wahren Gott und wahren Menschen ansahen, zwei Naturen in einer Person, zwischen den beiden estremen Positionen,
* den Monophysiten, die Gott und Mensch in Christus so vermischt sahen, daß sie eine Natur bildeten,
* den Nestorianern, die wie die Duophysiten zwei Naturen lehrten, diese aber als getrennt - in letzter Konsequenz in zwei Personen - ansahen.
Cyrill von Alexandria eröffnete am 22.6. 431 als Vertreter des Papstes (als oekuemenischer Patriarch hatte dieser den Vorsitz) das Konzil mit 198 Bischöfen bevor die der antiochenischen Schule anhängenden Bischöfe eingetroffen waren. Das Konzil verurteilte Nestorius und setzte ihn als Patriarchen ab. Die 43 nestorianischen Bischöfe führten nach ihrer Ankunft am 26. oder 27.6.431 ein Gegenkonzil ab und schloßenm Cyrill aus der Kirche aus. Der Kaiser billigte zunächst die Beschlüse beider Synoden, hob aber später alle Beschlüsse auf. Zum weiteren Verlauf vgl. Cyrill von Alexandria.
Erst 433 konnte der Streit zwischen Nestorianern und Duophysiten durch ein neues Glaubensbekenntnis vorläufig beigelegt werden. Beide Seiten mußten Kompromisse eingehen, Nestorius wurde abgesetzt und die Antiochener Schule mußte die Bezeichnung Gottesmutter (Gottesgebärerin) annehmen. Cyrill akzeptierte seinerseits, daß das Glaubensbekenntnis von 433 die menschliche Natur Christi als "Tempel" des Logos bezeichnet. Die Alexandriner machten Cyrill wegen der Einwilligung heftige Vorwürfe.
Eutyches, ein Abt aus Konstantinopel ,vertrat offen die monopysitische Meinung und wurde deshalb von einer Synode exkommuniziert. Er erhob dagegen heftigen Protest und wurde von Cyrills Nachfolger, dem Patriarchen Dioskur unterstützt. Papst Leo der Große nahm in einem Lehrbrief zu dem Streit Stellung. Theodosius II. berief auf Wunsch Dioskurs ein Konzil nach Ephesus ein. Leo entsandte einen Legaten, der aber Dioskur den Vorsitz überlassen mußte. Teilweise mit Waffengewalt wurden die 135 Bischöfe gezwungen, Eutyches zu rehabiliteren, den Duophysitismus zu verwerfen und mehrere Bischöfe abzusetzen. Das Konzil wurde zunächst von der Westkirche nicht anerkannt und von Leo dem Große als Räubersynode bezeichnet. Die Beschlüsse des Konzils wurden durch das nachfolgende Konzil von Chalcedon aufgehoben wurden und deshalb wird das Konzil von Ephesus auch in der orthodoxen Kirche nicht zu den oekumenischen Konzilien gezählt.
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